霸凌行为是否会被记录在12岁学生的档案中，这取决于具体情况和所在地区的相关规定。通常，学校会有一套处理校园霸凌的程序和政策，这些政策会明确霸凌行为的界定、报告机制、调查程序以及可能的后果。

以下是一些可能的情况：

1. 学校纪律处分：如果学生参与了霸凌行为，学校可能会根据其行为的严重性给予纪律处分，如警告、记过、暂时或永久开除等。严重的纪律处分可能会被记录在学生的个人档案中。
2. 法律后果：在某些情况下，如果霸凌行为触犯了法律，如造成他人身体伤害，可能会涉及法律责任。在这种情况下，相关的法律记录可能会影响学生的档案。
3. 心理干预：学校可能会对霸凌者进行心理干预，以帮助他们认识到自己行为的错误并改正。这种干预通常不会被记录在学生的正式档案中，但可能会在校内进行跟踪和监督。
4. 家长和学校的沟通：学校可能会与霸凌者的家长沟通，共同制定改正计划。这种沟通可能不会直接导致档案记录，但家长和学校之间的合作对于解决问题至关重要。

总的来说，是否将霸凌行为记录在学生档案中，需要根据学校的具体规定和霸凌行为的严重性来判断。学校通常会权衡多种因素，包括学生的年龄、行为的严重性以及是否有重复行为等，来决定是否将此类信息记录在案。