商铺过户费用包括契税、营业税、土地增值税、所得税以及房屋交易手续费和房屋产权登记费等。以下是具体分析：

　　1. 契税：根据搜索结果，40平米老楼商铺的契税率是1%，如果符合首次购房且面积在90平方米以下的条件。

　　2. 营业税：若房产取得满五年则免征，未超过五年的按房价5.5%缴纳，由卖方承担。

　　3. 土地增值税：同样，满五年免征，未超过五年的按房价1%缴纳，由卖方承担。

　　4. 所得税：满五年免征，未超过五年的按房价1%或房屋原值与现值差额20%缴纳，由卖方承担。

　　5. 房屋交易手续费：按房屋建筑面积6元/平方米交纳，双方共同承担。

　　6. 房屋产权登记费：固定费用80.00元，由买方承担。

　　7. 评估费：按照评估额的0.5%缴纳，由买方承担。

　　结合上述税费，假设该商铺的交易价格为P，且不考虑是否满五年和其他可能减免的情况，所需支付的过户费用大致如下：

　　契税 = P * 1%

　　营业税 = P * 5.5% (若未满五年)

　　土地增值税 = P * 1% (若未满五年)

　　所得税 = P * 1% 或 (P 原价) * 20% (若未满五年)

　　交易手续费 = 40 * 6

　　评估费 = P * 0.5%

　　产权登记费 = 80元

　　除了以上费用外，还需注意以下几点：

　　商铺过户时，要核实卖方的所有权证明文件，确保房屋的所有权清晰明确。

　　过户后，要及时办理权属登记手续，确保自己的权益得到保障。

　　购买或转让商铺时，要仔细阅读合同条款，特别是关于房屋权益、交割时间、违约责任等方面的内容。

　　如果需要贷款，要提前咨询银行或金融机构，了解贷款额度、利率、还款方式等具体情况。

　　综上所述，甘南州合作市40平米的老楼商铺过户的具体费用需要根据商铺的实际交易价格和是否满足免税条件来确定。建议在准备过户前，先向当地房管局或专业律师咨询具体的税费标准及相关政策，以便更准确地计算所需费用。同时，考虑到税费可能会有所变动，建议及时关注最新的政策动态。